东北油气分公司机关设12个职能部门：党政办公室（党委办公室、工会）、投资发展处、财务资产处、人力资源处、（企业管理处、法律事务处）、审计处、纪委（监察处）、安全环保处、科技信息处、油气勘探管理部、油气开发管理部、工程技术管理部、生产运行管理部。下设二级单位10个：四平采油厂、松原采气厂、松原采油厂、彰武采油厂、油气销售中心、勘探开发研究院、石油工程技术研究院、物资供应中心、石油工程监督服务中心、基地离退休管理中心。
